Das Gehirn besteht aus integralen Bereichen, die im Normalfall gut zusammenarbeiten.

Der Neokortex (Frontalhirn) steht für das Denken im weitesten Sinne (bewusstes und unbewusstes Lernen), für den Verstand, das logische Denken, Rationales und Willkürliches, die Sprache und für das Lösen von Problemen.

Das Limbische System (Zwischenhirn, Riechhirn) ist zuständig für die Emotionen und das Gedächtnis. Darin ist der Hippocampus eine Art Zwischenspeicher und auch dafür zuständig, dass wir Geschehenes räumlich und zeitlich einordnen können und es episotisch (narrativ) wiedergeben können. Die Amygdala (Mandelkern) ist das Alarmzentrum und zuständig für schnelle Reaktionen bei Gefahr.

Das Stammhirn (Reptilienhirn) wird als ältester Teil im Hirn definiert. Es ist für das Überleben und die unbewussten Dingen sowie für die Instinkte und Reflexe zuständig. Es reguliert die Grundlagen des Daseins (Schlaf, Herz- Kreislauf, Appetit, Atmung, Verdauung usw.). Im Notfall stellt es die notwendige Energie für Kampf oder Flucht bereit.

Im Normalprogramm sind die drei Bereich fließend miteinander verbunden, ohne dass uns dies besonders bewusst wäre. Über den Thalamus kommen Unmengen von Sinneseindrücken in das Limbische System, im Hypocampus werden diese so zwischengespeichert, dass wir sie räumlich und zeitlich einordnen können – und in Zusammenarbeit mit dem Neokortex werden die Ereignisse zu einem zusammenhängenden Ereignis und später abrufbar gespeichert.

Wenn große Gefahr droht, wird das Notprogramm aktiviert, die Amygdala schickt Informationen an das Stammhirn, damit überlebensnotwendige Energien für Kampf und Flucht zur Verfügung gestellt werden. Das Notprogramm ist immer verbunden mit Hilflosigkeits- und Ohnmachtsempfinden und führt zum Erstarren. Im Notprogramm wird die räumliche und zeitliche Einordnung und der sensorische Impuls, der das Geschehen zu einem zusammenhängenden Ereignis und später abrufbarer Erinnerung ermöglicht, außer Kraft gesetzt. Auch die Versprachlichung und die Fähigkeit der Kontextualisierung des Erlebten gelingt nur unzureichend. Stattdessen findet eine fragmentierte Speicherung des Erlebten statt, eine Art Splitterbildung im Gedächtnis.

Der Zusammenhang zwischen der Gefahr von früher und den heutigen Reaktionen:

Die neuronalen Verschaltungsmuster und synaptischen Netzwerke, die in einem solchen Schockzustand bzw. in der Situation der Traumatisierung gleichzeitig aktiviert werden, werden außerordentlich fest miteinander verknüpft. Als Folge wird in späteren Zeiten durch Schlüsselreize (Trigger) das gesamte, aneinander gekoppelte Muster abgerufen und aktiviert. (nach Hebb, 1949)

Das bedeutet: Menschen, die in einem früheren Lebensabschnitt ein traumatisches Ereignis oder lebensgeschichtliche Belastungen erlebt haben, können durch Trigger an diese Situation erinnert werden. Dabei handelt es sich nicht um ein übliches Erinnern, sondern durch den Schlüsselreiz initiiertes „wieder in die Situation von früher hinein“ versetzt werden. Der Trigger ist wie ein Türöffner für die Welt von früher. Er kann eine Stimme, eine Berührung, ein Geruch oder eine ähnliche Situation sein. Es kann aber auch eine hilflose, überfordernde oder angstmachende, unsichere Situation sein, die dann ebenfalls das Muster von damals auslöst. Im Körper kann das gesamte aneinander gekoppelte Muster von damals aktiviert werden (Flashbacks).

Kinder versuchen diese Aktivierung auf vielfältige Weise zu vermeiden. Sie bilden Strategien der Verdrängung, Abspaltung (z.B. Dissoziation), Ablenkung oder Aufregung. Alle genutzten Strategien werden zu erfolgreichen Überlebensstrategien. Im Gehirn erfolgt als „Belohnung“ eine Dopaminausschüttung, die zu positivem Fühlen führt. Je häufiger die Überlebensstrategien aktiviert werden, desto mehr werden sie im Gehirn als Lösung gebahnt. Die Bedrohung, dass das belastende, traumatisierende Ereignis aufgerufen wird, löst aus, dass Kinder Vieles dafür tun, damit dies nicht geschieht. Sie vermeiden häufig Situationen, die sie in einen sich ähnlichen anfühlenden Stress bringen oder sie dissoziieren in Situationen, in denen sie überfordert sind.